Цели и задачи дисциплины
Целью дисциплины является обретение студентами опыта самостоятельного построения молекулярно-динамических моделей сложных систем, содержащих в своем составе полимеры и/или биополимеры; также значительная часть курса посвящена освоению вспомогательных методов автоматизации процедур моделирования и анализа данных.
Задачами на пути к этой цели являются:
1. Построение произвольных структур мономеров и их визуальная обработка в программе PyMOL
2. Освоение специализированного ПО для работы с файлами молекулярного моделирования
3. Создание авторских программ и скриптов для запуска сложносоставных алгоритмов расчета и анализа траекторий
Краткое содержание дисциплины
В рамках данного курса студенты погружаются в процесс молекулярно-динамического моделирования сложных систем, содержащих в своем составе полимеры и/или биополимеры согласно задаче проектного обучения. В рамках этого курса студентам предстоит построить молекулярно-механические модели мономеров, научиться управлять процессами моделирования и анализировать полученные траектории.